根据《劳动合同法》规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。关于加班事项，用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
但在实践中，劳动者与用人单位对加班费的计算基数可能有不同的看法，肖律师最近办案就遇到了这样一个案例，劳动者与用人单位签订了劳动合同与劳动补充协议，其中约定的工资并不一致（劳动合同的较低，补充协议的较高），那么究竟该以哪个工资为基数计算加班费呢？
通常来说，双方在自愿基础上签订的劳动补充协议，与劳动合同本身具有同等效力，但基于《民法典》合同变更原则，即"后约定优先于前约定"，在补充协议与原劳动合同内容存在冲突时，一般以补充协议为准。若劳动合同与补充协议签订的时间相同，内容却有冲突，可能被视为合同约定不明，因此需要通过劳动者与用人单位之间的实际履行来确定实际工资。
根据最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）第四十三条[]{#No150_T43K1 .anchor}“用人单位与劳动者协商一致变更劳动合同，虽未采用书面形式，但已经实际履行了口头变更的劳动合同超过一个月，变更后的劳动合同内容不违反法律、行政法规且不违背公序良俗，当事人以未采用书面形式为由主张劳动合同变更无效的，人民法院不予支持。“在本案中，若实际支付的工资长期高于合同约定，可能视为双方通过实际履行变更了原合同约定，则以实际工资为基数计算加班费。
福建案例：合同"套路"被推翻：
福建鼎信科技有限公司、邹亮昌劳动争议民事二审民事判决书
案 号（2022）闽09民终630号
在本案中，关于加班工资计算标准及加班所应付的差额工资问题，鼎信公司主张加班工资的计算应以双方签订的劳动合同中约定的1820元月工资为基数，但一审法院认为，该约定与双方庭审中确认的薪资收入确认单中的基本工资不一致，故不予采信。邹亮昌在鼎信公司上班期间工资总额除以所有出勤天数即得平均日工资。之后，二审法院支持该观点。
劳动者在主张加班费时，需要注意：
重点是劳动合同中是否有明确约定。
若劳动合同对工资约定不明确（如仅约定"基本工资"而未涵盖奖金、津贴等），或双方通过实际履行（如长期发放高额工资且劳动者未提出异议）形成新的合意，则可能以实际发放的工资总额作为计算基数。
若合同中明确区分了"基本工资"“绩效工资"“奖金"等，并约定加班工资仅以"基本工资"为基数，则即使实际发放总额更高，仲裁机构一般仍会按照合同约定的"基本工资"计算加班费。
综上，肖雄律师建议（针对劳动者）：签订劳动合同与劳动补充协议时关注工资事项的相关约定，工作过程中妥善保存劳动合同及补充协议、工资条、加班记录、银行流水等，避免举证困难。